Naja, dieses Problem gibt es tatsächlich, aber ich würde das auch nicht als Cubase Problem bezeichnen.
Plugins knacken natürlich nicht generell, wenn der Bypass-Schalter betätigt wird, sondern nur, wenn ein Audiosignal anliegt und abgespielt wird und auch hier nicht immer, sondern es kommt auf das jeweilige Audiomaterial und das Plugin an.
Je basslastiger das Signal ist, desto höher die Knacks-Wahscheinlichkeit. Lässt sich z.B. leicht demonstrieren mit einem Subbass und einem Delayplugin, das ge- und entmutet wird.
Liegt wohl in der Natur der Sache, dass harte Schnitte in tiefrequentem Material leichter zu Knacksern führen können und ließe sich wahrscheinlich nur durch generelle leichte Fades beim Betätigen des Bypass-Schalters vermeiden. Ob das bei bei jedem Plugin Sinn machen würde, ist eine andere Frage.
Vielleicht kannst du dein Problem anders lösen, z.B. durch betätigen eines Mix Reglers.
Macht aber auch kein Sinn da weiter zu philosophieren, wenn du nicht Plugin und Anwendungsgebiet nennst…