Oh Mann, Steinberg, ernsthaft???
Nun habe ich das wahre Problem herausgefunden. Hätte mir rein theoretisch alles sparen können, auch wenn es eh mal wieder notwendig war.
Wo habt ihr denn eure Projektordner gespeichert? Ich hatte meine direkt im Cubase-Ordner abgelegt, was ja Sinn macht. Aber genau dann funktioniert das DOP nicht. Nun, wo ich das Projekt wieder in den Standard-Ordner, unter “Dokumente > Cubase Projects” verschoben habe, funktioniert es einwandfrei. LOL 
Das ist so sicher aber nicht geplant, da so mein ganzes C-Laufwerk vollgeschrieben wird. Einen gleich benannten Ordner im Cubase-Ordner zu erstellen bringt leider auch nichts.
Oder kann man den Projekte-Ordner irgendwie Cubase zuordnen?
Ich bin doch sicher nicht der Einzige, der seine Projekte gern auf ein anderes Laufwerk speichert?
EDIT:
Nun habe ich aber hoffentlich wirklich das wahre Problem gefunden. Cubase mag es offensichtlich nicht, wenn der “Cubase Projects” Ordner in mehr als einem Unterordner steckt. Ich habe jetzt alle Projekte auf mein Cubase-Laufwerk gepackt, aber halt nicht in meinen Cubase-Ordner, denn dann funktioniert das DOP nicht mehr.
Damit kann ich leben, auch wenn es extrem komisch ist. Aber stimmt, die Cubase 6-Projekte, bei welchen das DOP funktioniert hat, steckten in nur einem Unterordner…ich fass das nicht. 
Werde versuchen, Steinberg darauf aufmerksam zu machen.
EDIT 2:
Alles falsch und noch viel einfacher das Problem. Egal wieviele Unterordner. Aber der Ordner eines Projekts darf nicht im Cubase-Ordner sein, dann läuft alles, wie es soll.
Auch egal, wo die Projektdatei (cpr.-file) liegt, aber weder der Cubase Projects-Ordner, also der, in dem die ganzen einzelnen Projekt-Ordner drin sind, noch einzelne Projekt-Ordner dürfen im Cubase-Ordner liegen, damit das DOP korrekt funktioniert.
Was 'ne Verwirrung und Arbeit so etwas rauszufinden.