Woran das liegt, ist aus der Ferne unmöglich zu sagen. Bei mir gibt es hin und wieder auch mal Probleme, aber meist liegt es wohl an Dritthersteller-Plugins.
Nochmal zum eigentlichen Problem:
Nein! Die Tempowechsel werden auch hier fest mit der Audiodatei verbunden (aber nicht direkt in der wav-Datei, sondern in der cpr-Datei). Wenn Du die Tempodefinition direkt in die wav-Datei schreibst, dann sind diese Daten auch in anderen Projekten verfügbar, sofern dort dieselbe wav-Datei importiert wird. Ob das gewünscht ist, hängt vom Anwendungsfall ab - deshalb die Auswahlmöglichkeit, die Cubase hier anbietet.
Die Systematik dahinter ist zugegebenermaßen nicht ganz selbsterklärend. Vielleicht schaust Du Dir mal ein paar YT-Videos dazu an.
Nur mal als Beispiel:
Tempo in Acapella finden und fixieren mit Cubase - YouTube