Hallo Rene, ein herzliches Willkommen im Forum. 
Wenn Du Dich mit Dolby Atmos beschäftigen möchtest, dann solltest Du Dir zunächst einmal grundlegendes Wissen aneignen. Sonst ist Dein Vorhaben schon jetzt zum Scheitern verurteilt.
Es beginnt schon damit, dass Dolby Atmos objektbasiert ist und daher mit keiner festen Anzahl an (Lautsprecher-)Kanälen arbeitet. (Anders, als dies bei z. B. Dolby Digital oder DTS der Fall ist.) Aber natürlich muss Deine Mischung ja auch irgendwie beim Endkunden ankommen. Und in Deinem Tonstudio willst Du ja auch etwas hören. Daher benötigst Du ein passendes Lautsprecher-Set-up. Dies ist idealerweise ein 9.1.6-Set-up. Aber es geht auch z. B. 7.1.4 oder 5.1.4. Die Angabe x.x.4 steht dabei für die Höhenkanäle. (In diesem Fall hat Dein System also 4 Lautsprecher unter der Decke.)
Neben den Lautsprechern benötigst Du auch die passende Audiohardware, welche genügend Kanäle ausgeben kann. Fehlt die, kannst Du Atmos eigentlich gleich vergessen. 
Dein Interface hat gerade einmal 2 Ausgänge. Das sind mindestens 8 Ausgänge zu wenig.
Aber Du kannst natürlich auch (theoretisch) mit diesem Interface in Atmos mischen. Aber ein vernünftiges Arbeiten wäre so kaum möglich.
So, ich könnte Dir jetzt auch noch den Rest Deiner Fragen, insbesondere zur Einrichtung des Renderer, beantworten. Aber bevor ich das mache, solltest Du das Wichtigste wissen: Nuendo spielt Dir Atmos als eine Masterdatei aus. Das bedeutet, dass Du diese Datei nicht mit einem z. B. Atmos-fähigen AV-Receiver wiedergeben kannst! Dafür benötigst Du eine Datei in einem Consumerformat wie z. B. TrueHD mit Atmos, E-AC-3 JOC oder AC-4. Um diese erstellen zu können, benötigst Du einen separaten Encoder, welcher nicht Bestandteil von Nuendo ist.
Wenn Du Dich wirklich ernsthaft mit Atmos beschäftigen möchtest, dann solltest Du Dir zunächst die entsprechenden Voraussetzungen dafür aneignen: Grundwissen und geeignete Technik.
Ich beantworte Dir gerne Deine Fragen, aber ohne irgendwelche Vorkenntnisse wird das ziemlich ausarten. Und das würde den Rahmen dessen sprengen, was ein solches Forum leisten kann.
Wie gut ist denn Dein Englisch?
Um in 5.1 zu mischen, benötigst Du kein Atmos. (Das geht dann auch ohne den Atmos-Renderer.
) Allerdings erhältst Du auch in diesem Fall von Nuendo keine Datei im Consumerformat “Dolby Digital”. Dafür benötigst Du ebenfalls einen separaten Encoder.
Zudem ist Deine Hardware grundsätzlich nicht fähig, ein Surround-Signal auszugeben, da diese, wie schon geschrieben, nur zwei Ausgänge (=Stereo) besitzt.