Tja so isses halt, genau das Problem hatten wir hier schon öfters:
Genau das habe ich so ca 1-2x im Jahr (bei täglicher Nutzung von Cubase) , deswegen mache ich auch Regelmäßig ein Backup meines Einstellungsordners für
32Bit Cubase 6:
C:\Users\DEINUSERNAME\AppData\Roaming\Steinberg\Cubase 6
64Bit Cubase 6:
C:\Users\DEINUSERNAME\AppData\Roaming\Steinberg\Cubase 6_64
Ich hatte das selbe Problem vor 3 Wochen wieder an 2 DAWs und hab den Steinis das auch schon per PM mitgeteilt.
Die können sich das nicht erklären, und schieben das auf Hintergrunddienste oder Systemwartungstools, die aber bei mir nicht aktiv sind.
Wenigstens hat sich bei Cubase 6.5.4 aber schon mal in die Positive Richting was geändert, denn meine Insertpresets/EQ Presets und die Tastatureinstellungen sind nicht weg.
Meine 5 Controller sind nachdem ich sie dann manuell unter Fernbedienungsgeräte wieder hinzugefügt habe auch wieder richtig kofiguriert.
Den Controlroom brauche ich auch nur wieder einschalten und das richige Preset in den VST Verbindungen wählen.
Der Schaden hält sich also für mich im begrenzten Rahmen, danke Steinis, das ihr das geschaffft habt 
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