Wie wechsel ich zwischen 2 Projekt Versionen?

Und zwar möchte ich eine Projektversion mit einer anderen neuen vergleichen. Zb. möchte ich Synthesizer bearbeiten und dann wieder mit der Ausgangsversion vergleichen, und so einen Direktvergleich haben

Normalerweise wrde man nicht zwei Projekte verwenden, sondern Track-Versionen.
D.h. Du kannst von allen Spuren eine neue Track-Version erstellen und dann realtiv einfach hin- und herschalten.
https://www.steinberg.help/r/cubase-pro/13.0/de/cubase_nuendo/topics/track_handling/track_handling_trackversions_c.html

Ich würde in dem Fall auch mit Spur-Versionen arbeiten. Aber wenn du tatsächlich eine neue Projekt-Version vorziehst, kannst du diese mit Datei > Neue Version speichern erzeugen. Du bekommst dann zu deinem Ursprungsprojekt ein neues dazu mit einem Namenszusatz (z.B. MeinProjekt ==> MeinProjekt-01) und kannst beide nebeneinander öffnen. Beachte aber, dass in Cubase immer nur ein Projekt aktiv sein kann. Transportbefehle z.B. wirken immer nur auf das aktive Projekt, du müsstest also zum Vergleichen immer das jeweilige Projekt aktivieren.
Spur-Versionen kannst du schnell mit Tastaturkommandos umschalten und außerdem kannst du auch Unterspuren aus Spur-Versionen erzeugen. Insgesamt bist du also mit Spur-Versionen flexibler.

Ü:
Wenn ich eine Version dupliziere, und dann in der neuen Version das Instrument verändern ( von Retrouloge eine Presetänderung). Und wenn ich vergleiche, dann hat die erste Version plötzlich auch die Instrumenten- Änderung “mitgemacht”.

Ich nehme an, du meinst die Track Version (Spur-Version), nicht die Projekt-Version.
Mit einer Track Version (Spur-Version) kannst du mehrere Versionen von Events und Parts auf derselben Spur erstellen und verwalten. Die Konfiguration der Spur selbst (z.B. Routing, Klangerzeuger, FX usw.) ist davon nicht betroffen (ausgenommen Zeitbasis).

Falls Deine gewünschten Änderungen einzig und allein im Instrument sind, bietet Cubase im Pluginfenster die Möglichkeit des A/B-Vergleichs. D.h. Du kannst für jedes Plugin zwei unterschiedliche Einstellungen haben und per A/B-Knopf hin- und herschalten.

Falls das nicht ausreichend ist, musst Du, denke ich, wirklich zwei Projekte laden und zwischen denen umschalten. Je nach Projektgröße dauert das unterschiedlich lange.

Wenn es darum geht, unterschiedliche Stände des Gesamtmixes zu vergleichen, dann kannst du im Mixer die Snaphot-Funktion nutzen und schnell im offenen Projekt zwischen den Versionen hin- und herschalten